Er folgte damit einer allgemeinen Tendenz dieser Zeit. Da die ohnehin nicht mehr militärisch nützlichen Höhenburgen in ihrer räumlichen Beengtheit und lagebedingten Unannehmlichkeiten (schlechte Erreichbarkeit, raue Witterungsverhältnisse) zu unbequem waren, begab man sich lieber wieder ins Tal. 
Daher ließ Philipp II. das nach ihm benannte Schloss Philippsburg 1568 – 1571 als Nebenresidenz und zukünftigen Witwensitz für seine Gemahlin Anna Elisabeth von der Pfalz durch den hessischen Baumeister Anton Dauer auf mittelalterlichen Vorgängerbauten errichten. Die Philippsburg ist somit der erste Schlossbau der Renaissance am Mittelrhein und war – im Gegensatz zu späteren Schlossbauten – noch von einer Verteidigungsanlage umgeben.
Nach seinem Tod war es von 1583 – 1602 Witwensitz seiner Gemahlin.

Von 1643 – 51 residierte hier Landgraf Johann der Streitbare. Später diente die Philippsburg noch als Sitz des Amtes und des Gerichtes. Nach einer längeren Zeit der Vernachlässigung nach dem Verlust der Residenzfunktion und einem Brand wurde das Hauptgebäude 1804-05 renoviert.
1822 kaufte es der Unternehmer Johann Christian Heberlein aus nassauischem Staatsbesitz und baute das Hauptgebäude um. Im 20. Jh. diente es als private Wohnung verschiedener Parteien, so der Familie Vitzthum.

1997 kaufte die Deutsche Burgenvereinigung den Gesamtkomplex und richtete im zuvor innen renovierten Hauptgebäude ihr Europäisches Burgeninstitut ein, das im Oktober 1999 seine Pforten öffnete.
 
Die stark überformte Schlossanlage lässt trotz der Verluste an Bausubstanz die ursprüngliche Bedeutung für das kleine Territorium Hessen-Rheinfels und für die Stadt Braubach noch immer erkennen. Der Wanderungs- und damit Entwicklungsvorgang der Residenzfunktion von der mittelalterlichen Höhenburg zum frühneuzeitlichen Schloss in Tallage bleibt hier in exemplarischer Weise ablesbar, was am Rhein in diesem engen räumlichen Zusammenhang nicht wieder zu finden ist.
So war es auch ausdrückliches didaktisches und denkmalpflegerisches Anliegen der Deutschen Burgenvereinigung, mit dem Ankauf von Schloss Philippsburg dieses Ensemble wieder in einer Hand zu vereinen.